如果你下载的是精简版的MySQL，需要先将完整版的data文件夹复制到安装目录下，以完成数据库初始化。
复制my-small.ini为my-template.cnf，保存到bin文件夹中，以便采用MySQLInstanceConfig.exe配置。
一、安装
将下载的文件解压后是个setup.exe的可执行文件，点击即可安装。一般默认设置即可。
1、在选择安装类型
有“Typical（默认）”、“Complete（完全）”、“Custom（用户自定义）”三个选项，我们选择“Custom”，有更多的选项，可以自定义安装位置，也方便熟悉安装过程
2、选择安装内容和安装路径
如上图，如果想了解开发的特性，在“Developer Components（开发者部分）”上左键单击，选择“This feature, and all subfeatures, will be installed on local hard drive.”，即“此部分，及下属子部分内容，全部安装在本地硬盘上”。
默认的安装路径是【C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.1】，可以点击安装路径右侧的Change...按钮来更改默认安装路径。建议不要放在与操作系统同一分区，这样可以防止系统备份还原的时候，数据被清空。我将MySQL安装在“d:/tools/mysql”下。
以往的版本都是将数据库的物理文件一同放在安装路径下的data目录下，但这个版本需要单独设置，如上图所示，需要通过【mysql server datafiles】来设置，其默认路径是放在了系统目录的一个隐藏的目录下，如图所示，建议修改到安装目录下或者一个指定的位置。方便日后备份。
3、安装完成
至此一路【Next】即可，直到提醒软件安装完成了，出现是否启动配置的界面，默认就是将 “Configure the Mysql Server now”前面勾打上的，点“Finish”结束软件的安装并启动mysql配置向导。也可以不勾选，等以后再配置。
二、配置MySQL服务器
1、启动配置向导
除了如上述在安装结束时启动配置向导，还可以点击Windows启动菜单中MySQL服务器实例配置向导条目中的MySQL部分来启动MySQL Configuration Wizard（配置向导）。
还可以进入MySQL安装bin目录直接启动MySQLInstanceConfig.exe文件。
2、选择配置类型
可以选择两种配置类型：Detailed Configuration（详细配置）和Standard Configuration（标准配置）。Standard Configuration（标准配置）选项适合想要快速启动MySQL而不必考虑服务器配置的新用户。详细配置选项适合想要更加细粒度控制服务器配置的高级用户。
我这里选择默认的Detailed Configuration（详细配置），以便可以更精确的配置MySQL服务器。
3、选择服务器类型
可以选择3种服务器类型，选择哪种服务器将影响到MySQL实例对内存、硬盘和过程或使用的决策。
其中：
・Developer Machine(开发机器)：该选项代表典型个人用桌面工作站，在本地开发机器上时可以选择，MySQL使用最少的系统资源。
・Server Machine（服务器）：该选项代表服务器，MySQL服务器可以同其它应用程序一起运行，例如FTP、email和web服务器。MySQL服务器配置成使用适当比例的系统资源。
・ Dedicated MySQL Server Machine（专用MySQL服务器）：该选项代表只运行MySQL服务的服务器。MySQL服务器配置成使用所有可用系统资源。
4、选择数据库使用情况
通过Database Usage（数据库使用）对话框，你可以指出创建MySQL表时使用的表处理器。通过该选项，你可以选择是否使用InnoDB储存引擎，以及InnoDB占用多大比例的服务器资源。
・Multifunctional Database（多功能数据库）：同时使用InnoDB和MyISAM储存引擎，并在两个引擎之间平均分配资源。建议经常使用两个储存引擎的用户选择该选项。
・Transactional Database Only（只是事务处理数据库）：该选项同时使用InnoDB和MyISAM 储存引擎，但是将大多数服务器资源指派给InnoDB储存引擎。建议主要使用InnoDB只偶尔使用MyISAM的用户选择该选项。
・Non-Transactional Database Only（只是非事务处理数据库）：该选项完全禁用InnoDB储存引擎，将所有服务器资源指派给MyISAM储存引擎。建议不使用InnoDB的用户选择该选项。
简单说明：MyISAM类型不支持事务处理等高级处理，而InnoDB类型支持。MyISAM类型的表强调的是性能，其执行数度比InnoDB类型更快，但是不提供事务支持，而InnoDB提供事务支持已经外部键等高级数据库功能，由于使用Hibernate编程，所以选择Transactional Database Only。【更详细的区别可以查找参考手册，后续也会提供更详细说明】
5、选择InnoDB表空间
就是为InnoDB 数据库文件选择一个存储空间，如果修改了，要记住位置，重装的时候要选择一样的地方，否则可能会造成数据库损坏。注意一般使用默认位置即可。
有些用户可能想要将InnoDB表空间文件放到不同的位置，而不放到MySQL服务器数据目录。如果你的系统有较大的空间或较高性能的储存设备（例如RAID储存系统，一般服务器都有RAID1或RAID5,开发机器一般没有），则最好将表空间文件单独放到一个位置。
6、选择并发连接
限制所创建的与MySQL服务器之间的并行连接数量很重要，以便防止服务器耗尽资源。其中可以选择设置的项目：
・Decision Support（决策支持）(DSS)/OLAP：如果服务器不需要大量的并行连接可以选择该选项。假定最大连接数目设置为100,平均并行连接数为20。
・Online Transaction Processing（联机事务处理）(OLTP)：如果你的服务器需要大量的并行连接则选择该选项。最大连接数设置为500。
・Manual Setting（人工设置）：选择该选项可以手动设置服务器并行连接的最大数目。从前面的下拉框中选择并行连接的数目，如果你期望的数目不在列表中，则在下拉框中输入最大连接数。
我的开发机上人工只设置5个即可，正在开发的系统服务器选择第一项就能满足需要。
7、Networking Options（网络选项）
可以启用或禁用TCP/IP网络，并配置用来连接MySQL服务器的端口号。
还有一个关于防火墙的设置“Add firewall exception ……”需要选中，将MYSQL服务的监听端口加为windows防火墙例外，避免防火墙阻断。
8、选择缺省的字符集
可以设置适用于所有表、列和数据库的默认服务器字符集。对于Java编写的支持中文的程序一般选择人工设置为UTF8。
9、Windows服务选项
默认将MySQL服务器安装为服务，服务名为MySQL。并且开机自动启动。
该对话框还有一个选项，加入系统路径【Include bin directory in windows path】,建议勾选此项，以方便在命令行使用MySQL命令。
10、安全选项
为MySQL服务器设置一个root密码。如果重新配置已有的服务器，你还需要Current root password（当前root密码）框内输入已有的root密码。
该对话框还有一个选项，允许root用户远程访问该机